一般来说，跨境物流的通关流程需要经过两个国家或地区的海关部门审核——出口国海关和目的国海关。对于出口跨境电商来说，通关难度主要集中在目的国海关。海关部门可以通过三种方式处理有问题的包裹:提供相关文件后即可通过，货物退回寄件人，直接没收。对于卖方来说，提供相关文件的后果无非就是延长交货时间。如果稍微严重一点，可能会被卖家投诉，勉强可以接受。但是退货和没收无疑会让卖家损失很大。

　　跨境电商通关的障碍主要包括两个方面:一是卖家对目的地国家的进口政策重视不够，比如产品缺乏国际认证机构提供的相关认证，故意少报货物价值；二是目的地国家贸易壁垒高。以巴西为例，几乎所有进入巴西的国际包裹都要经过海关部门的严格检查，发货人必须提供多种材料和文件，包括货物价值的申报、收货人的税号和商业发票。有时即使信息完整，也会被巴西海关部门刁难。

　　此外，在一些海关机构信息化建设相对落后的国家，由于缺乏强大的智能处理系统提供支持，包裹通关的主要流程需要靠人力来解决。这导致通关效率极低，对消费者的购物体验造成了严重的负面影响。