没有有效的理货机制，在海关系统的严格要求和管理下，外贸集装箱运输的理货机制完善。而国内集装箱运输根本没有理货程序，理货机制的缺失带来了几个严重的问题:

　　1.货损存在法律空白。由于没有理货机制，货主、港口、收货人经常会因为某种原因没有货而产生纠纷，但又没有有效的单据来证明或澄清。

　　2.危险品无法有效监控。没有理货监管，部分货主无法瞒报、隐匿、承运危险品，给运输安全带来严重隐患，极大威胁人民生命财产安全。

　　3.国内集装箱运输超载，这是市场的主要问题之一。在国内集装箱运输中，为了节省运费，获得更大的利润，货主主观上希望最大限度地利用集装箱空间。由于国内集装箱货物种类繁多，甚至大量的建材、焦炭、粮食都是用集装箱运输，很容易造成国内集装箱严重超重。目前，这种现象在我国港口普遍存在，但由于港区之间的竞争因素，大多采取宽容的态度。

　　4.内贸单证体系不完善目前，内贸集装箱运输体系存在着严重的单证体系不完善的问题，主要表现在不同港口单证不同，不同船公司单证不同。

　　5.国内集装箱运输价格体系不完善，国内集装箱发展初期，交通部制定了《国内港口收费规则》，明确规定了国内集装箱的收费。但是这个标准严重低于外贸，基本是外贸集装箱相关收费的一半。然而，随着国内集装箱运输的发展，这种价格机制已成为国内集装箱运输发展的制约因素。同时，由于国内集装箱运价缺乏有效的监管机制，同一航线船公司之间的恶性价格竞争也影响了国内集装箱运输市场的健康发展。